Portara („wielkie drzwi”) to jedyny stojący fragment świątyni, której nigdy nie dokończono. Około 530 r. p.n.e. budowę zaczął Ligdamis, tyran Naksos, w czasach gdy wyspa była jedną z najbogatszych w Egei; Herodot nazywał ją około 500 r. p.n.e. najzamożniejszą z greckich wysp. Świątynia na wysepce Palatia przy wejściu do portu miała mieć ok. 38 m długości i być poświęcona Apollinowi. Gdy ok. 524 r. p.n.e. Ligdamisa obalono, prace stanęły i już ich nie wznowiono. Marmur przywożono z kamieniołomów Flerio w głębi wyspy, tych samych, w których do dziś leżą porzucone kurosy.

Z całej budowli przetrwały fundamenty i futryna drzwi wejściowych: cztery marmurowe bloki (dziś pięć części), z których każdy waży do ok. 20 ton. Zostały, bo były po prostu za ciężkie, żeby je zabrać. Resztę rozebrano: w V w. n.e. na ruinach stanął kościół Matki Bożej (w progu bramy widać wcięcie na jego drzwi), a w okresie weneckim marmurowe bloki poszły na budowę zamku w Chorze. Wysepkę połączono z lądem groblą dopiero w 1919 r.

Według tradycji to właśnie na tym skrawku lądu Tezeusz, wracając z Krety po zabiciu Minotaura, zostawił śpiącą Ariadnę, która pomogła mu wyjść z labiryntu. Znalazł ją tu Dionizos, opiekun Naksos, i uczynił swoją żoną. Ta historia przeszła do sztuki: od antycznych waz po operę Richarda Straussa „Ariadna na Naksos” (1912). Dziś Portara jest symbolem wyspy i pierwszym, co widać z pokładu promu wpływającego do portu.