Lindos był jednym z trzech wielkich doryckich miast Rodos, obok Ialysos i Kamiros, i należał do Heksapolis, związku sześciu miast doryckich. Według mitu osadników przywiódł Tlepolemos, syn Heraklesa, a sanktuarium Ateny na skale założył Danaos, który uciekał z Egiptu z pięćdziesięcioma córkami. Cała wyspa należała do Heliosa: według Pindara wynurzyła się z morza jako jego dział. Ten sam poeta opowiada, że synowie Heliosa w pośpiechu zapomnieli zabrać ognia na ofiarę dla Ateny i odtąd w Lindos składano ofiary bez ognia. W VI w. p.n.e. rządził tu Kleobulos, zaliczany do Siedmiu Mędrców Grecji; jemu przypisuje się powiedzenie „umiar jest najlepszy”.

Na najwyższym punkcie skały stoi dorycka świątynia Ateny Lindyjskiej. Starszą spalił pożar w 392 r. p.n.e., obecną wzniesiono w IV lub na początku III w. p.n.e. Do niej prowadziły monumentalne propyleje i schody, a niżej hellenistyczna stoa z ok. 200 r. p.n.e., długa na 87 m, z 42 kolumnami. Najbardziej rozpoznawalny szczegół widać już u stóp schodów: wykuty w skale relief rodyjskiej triery z ok. 180 r. p.n.e. Na jej dziobie stał posąg admirała Hagesandra dłuta Pitokritosa, któremu przypisuje się też Nike z Samotraki.

O bogactwie sanktuarium wiemy z Kroniki Lindyjskiej, inskrypcji z 99 r. p.n.e. Kapłani spisali w niej ok. 40 darów, które rzekomo złożyli tu Herakles, Helena i Menelaos, a także Aleksander Wielki, a w ostatniej części opowieści o objawieniach bogini. Dwie z nich wiążą się z oblężeniami: przez Persów w czasie wojen perskich i przez Demetriusza Poliorketesa w 305–304 r. p.n.e.; inna mówi, jak oczyścić świątynię po samobójstwie, które ją skalało. Tekst jest miejscami zniszczony, więc badacze liczą te opowieści różnie, od trzech do czterech. Samych darów już wtedy nie było, spłonęły w 392 r. p.n.e., więc kronika była też trochę ówczesnym „PR-em” świątyni. Zresztą najsłynniejszy posąg wyspy, Kolos Rodyjski, stał nie tu, tylko w porcie miasta Rodos (wzniesiony od 292 r. p.n.e., runął przy trzęsieniu ziemi ok. 226 r. p.n.e.). Z Lindos pochodził za to jego twórca, rzeźbiarz Chares.

W średniowieczu na akropolu stanął bizantyjski kościół św. Jana, a w XIV–XV w. joannici otoczyli skałę murami zamku, który do dziś zasłania antyczne ruiny od strony miasta. Akropol przekopali aż do litej skały Duńczycy z Fundacji Carlsberga (1900–1914), a Włosi, rządzący Dodekanezem w latach 1912–1945, w latach 1936–1940 postawili na nowo część kolumn świątyni; tę rekonstrukcję ocenia się dziś krytycznie, a w latach 2000–2005 greccy konserwatorzy ją poprawiali. Biała wioska pod skałą to dawne miasteczko kapitanów: ich domy, w większości z XVI–XVII w. (część odbudowano po trzęsieniu ziemi w 1610 r.), mają portale z kamienia i dziedzińce wyłożone mozaiką z czarno-białych otoczaków (chochlaki). Na południe od akropolu leży zatoka św. Pawła, gdzie według tradycji apostoł schronił się przed burzą w drodze powrotnej z trzeciej podróży misyjnej, w latach 50. I w.; Dzieje Apostolskie wspominają tylko postój na Rodos, bez Lindos i bez dokładnej daty.