Nisyros to niemal okrągła wyspa-wulkan, stratowulkan zbudowany w ciągu ostatnich ok. 150 tysięcy lat w trzech fazach erupcji. Po wielkich wybuchach zapadł się jego szczyt i powstała kaldera o średnicy 3–4 km, otoczona wieńcem gór do 698 m. Jej dno, równina Lakki, jest płaskie i suche, a w nim siedzi kilka młodszych kraterów. Nie wylewała się z nich lawa: wybiła je para wodna, gdy przegrzana woda pod ziemią gwałtownie zamieniała się w gaz. Największy, Stefanos, ma ok. 260 × 330 m średnicy i ok. 27 m głębokości, a liczy sobie kilka tysięcy lat.

Wulkan jest uśpiony, ale nie wygasły. W 1871 i 1873 r. wyrzucał popiół, a w 1888 r. nastąpił ostatni wybuch pary. W latach 1996–1997 serie trzęsień ziemi zaniepokoiły naukowców i od tego czasu wulkan jest stale monitorowany w ramach programów międzynarodowych. Na dnie Stefanosa syczą fumarole, bulgoczą kwaśne błotne źródła, a wokół ujść gazu rosną żółte kryształy siarki. Ziemia pod butami jest gorąca, a zapach zgniłych jaj (siarkowodór) czuć z daleka. Bogactwem wyspy są dziś złoża perlitu i pumeksu na sąsiedniej wysepce Gyali.

Grecy tłumaczyli to po swojemu. W wojnie bogów z gigantami Posejdon ścigał olbrzyma Polybotesa, oderwał trójzębem kawał wyspy Kos i przygniótł nim uciekiniera; tak powstał Nisyros, a syk krateru to jęki uwięzionego giganta. Jeden z kraterów nosi zresztą jego imię (Polyvotis). To kolejne „wejście pod ziemię” na trasie, obok Nekromanteionu i Tajnaronu.

Nikia, wioska na krawędzi kaldery, ma centralny plac Porta, przy którym stoją kościół, dawna szkoła z małym Muzeum Wulkanologicznym (od 2008 r.) i kafejki z widokiem wprost na kratery. Plac zdobi mozaika z otoczaków miejscowego rzemieślnika Paschalisa Paschalakisa, według przewodników z 1923 r. [do sprawdzenia]. W Mandraki, głównej miejscowości, nad portem wznosi się zamek joannitów i klasztor Panagii Spiliani w grocie. Jego święto, Zaśnięcie Matki Bożej, trwa dziewięć dni (6–15 sierpnia): pielgrzymujące kobiety codziennie wykonują setki pokłonów i śpiewają lament dla Panagii, a w dniu święta przez Mandraki idzie procesja i zaczyna się zabawa. Nocą tańczy się „kielich Panagii”: prowadząca tańczy z kielichem, a dołączający wrzucają do niego pieniądze na rzecz Panagii i wyspy.