Butrint leży na zalesionym cyplu między słonawym jeziorem Butrint a kanałem Vivari, który łączy lagunę z Cieśniną Korfu. Ludzie mieszkali tu co najmniej od X–VIII w. p.n.e., a miasto było ośrodkiem greckiego plemienia Chaonów. Na wzgórzu powstał akropol, a ok. 380 p.n.e. całość otoczono murem z pięcioma bramami. Najsłynniejsza z nich, Lwia Brama, ma nad wejściem płaskorzeźbę lwa zagryzającego byka.

Starożytni chętnie dopisywali miastu trojański rodowód. Za założyciela uchodził Helenos, syn Priama, a w III księdze „Eneidy” Wergiliusza (70–19 p.n.e.) Eneasz zastaje tu Helenosa i Andromachę, wdowę po Hektorze, którzy zbudowali sobie „małą Troję” na wzór utraconej. „Eneida”, pisana na życzenie Augusta, stała się narodowym eposem Rzymu, a jej autor w „Boskiej komedii” prowadzi Dantego przez piekło. To mit, nie archeologia, ale dobry prolog do trasy śladami Homera.

Serce greckiego miasta stanowiło sanktuarium boga lekarza Asklepiosa z teatrem. Na murze przy jednym z wejść do teatru wyryto kilkadziesiąt inskrypcji z III–II w. p.n.e., w większości akty wyzwolenia niewolników. Wyzwolenie ogłaszano publicznie, pod opieką boga, i często uczestniczyły w nim całe rodziny właścicieli. Teatr odkopał w 1928 r. Włoch Luigi Maria Ugolini (1895–1936), który przed sceną znalazł też rząd posągów, wśród nich słynną „Boginię z Butrintu”. Marmurowa głowa była pierwszą rzeźbą wydobytą przez włoską misję. Ugolini próbował ją potajemnie wywieźć w skrzyni, a gdy zatrzymał ją celnik, król Zog, żeby uniknąć skandalu, „podarował” ją Mussoliniemu. Do Albanii wróciła dopiero w 1982 r. Z przodu twarz wygląda kobieco, z profilu przypomina Apollina, dlatego część badaczy uważa, że to w rzeczywistości głowa boga.

Rzymianie zrobili z Butrintu kolonię weteranów: zdecydował o tym Juliusz Cezar w 44 p.n.e. Sprzeciwiał się temu Tytus Pomponiusz Attyk (110–32 p.n.e.), który miał tu ziemię, a w senacie wstawiał się za nim jego przyjaciel Cyceron (106–43 p.n.e.); dlatego osadzono wtedy niewielu kolonistów. Później August po 31 p.n.e. niemal podwoił miasto, dodając akwedukt, łaźnie, forum i nimfeum, czyli monumentalną fontannę z niszami i posągami, w której kończył się akwedukt. W VI w. Butrint był siedzibą biskupa: z tego czasu pochodzą Wielka Bazylika i baptysterium z wielką mozaiką podłogową pełną zwierząt i ptaków [do sprawdzenia]. Później miasto przechodziło z rąk do rąk, od Despotatu Epiru po Wenecję, która przejęła je w 1386 r. i z czasem przeniosła się do małego trójkątnego fortu nad kanałem. W 1798 r. zdobył je Ali Pasza z Tepeleny. W 1959 r. specjalnie na wizytę Nikity Chruszczowa zbudowano drogę dojazdową, z której korzysta się do dziś.

Przyroda jest tu równie ważna jak ruiny. Kanał Vivari co sześć godzin zmienia kierunek przepływu, wpuszczając do jeziora słoną wodę z morza, a w słonawej lagunie od czasów komunistycznych hoduje się małże. Mokradła wokół półwyspu są obszarem Ramsar, ważnym dla ptaków wodnych.