Nazwa znaczy mniej więcej „wir Lepeny”: w tym miejscu Dunaj tworzył wir, w którym kłębiły się ryby. Na niewielkim tarasie nad rzeką przez kilka tysięcy lat, mniej więcej od 9500 do 5500 p.n.e., mieszkali łowcy, rybacy i zbieracze. Stanowisko znaleziono w 1960 r., a w 1965 r. zaczął je kopać belgradzki archeolog Dragoslav Srejović (1931–1996), później wiceprezes Serbskiej Akademii Nauk i Sztuk. Gdy w 1967 r. wydobyto pierwsze rzeźby, stało się jasne, że to jedno z najważniejszych miejsc mezolitu w Europie. Srejović opisał je w książce, której angielskie wydanie z 1972 r. nosiło tytuł „Pierwsza monumentalna rzeźba Europy” i rozsławiło Lepenski Vir na świecie. Badacze naliczyli ponad 130 budowli w siedmiu kolejnych osadach.

Najbardziej zaskakują domy. Każdy ma plan wycinka koła, czyli trapezu z łukowatym bokiem. Szerszym bokiem zwrócone są ku Dunajowi i powtarzają kształt trapezowatej góry Treskavac, która wznosi się naprzeciwko, na rumuńskim brzegu. Niektórzy badacze łączą ten układ z obserwacją wschodów słońca nad górą. Podłogi wylewano z miejscowej gliny wapiennej z popiołem i nawozem, która twardniała prawie jak beton i miała czerwonawy kolor. Pośrodku każdego domu było kamienne palenisko, a obok niego stały rzeźby z otoczaków: głowy o wyłupiastych oczach i ustach jak u ryby, pół ludzie, pół ryby. Archeolodzy nadali im imiona, np. Praroditeljka („Pramatka”) i Praotac („Praojciec”). Zmarłych chowano czasem pod podłogami domów.

Lepenski Vir pokazuje też, jak Europa przechodziła do rolnictwa. W późnej fazie osady dotarli tu pierwsi rolnicy, potomkowie przybyszów z Anatolii, i według badań genetycznych mieszali się z miejscowymi łowcami, zamiast ich wypierać. Ostatnie warstwy osady należą już do neolitycznej kultury Starčevo. Gdy w latach 60. budowano tamę, stanowisko było skazane na zalanie. W 1971 r. domy i paleniska rozebrano i ułożono ponownie ok. 30 m wyżej. Od 2011 r. przykrywa je szklany dach nowego centrum dla zwiedzających.