Mistrę zaczęli budować nie Grecy, ale krzyżowcy. W 1248–1249 r. Wilhelm II de Villehardouin, frankijski książę Achai, postawił zamek na stożkowatym wzgórzu u stóp Tajgetu, kilka kilometrów od starożytnej Sparty. Długo się nim nie nacieszył. W 1259 r. przegrał bitwę pod Pelagonią i trafił do niewoli cesarza Michała VIII Paleologa. Za wolność zapłacił w 1262 r. kilkoma twierdzami, a Mistra była jedną z nich. Pod zamkiem zaczęło rosnąć greckie miasto, które w ciągu stu lat stało się drugim co do znaczenia ośrodkiem kurczącego się Bizancjum.

Od 1349 r. Mistra była stolicą despotatu Morei, czyli peloponeskiego udziału, który cesarze dawali synom i braciom. Najpierw rządził tu Manuel Kantakuzen, potem członkowie rodu Paleologów. Despoci żenili się z Włoszkami (Kleofe Malatesta, Teodora Tocco), sprowadzali uczonych i fundowali kościoły, a ich dwór był ostatnim prawdziwym centrum kultury bizantyjskiej. Malowidła w Peribleptos (z lat ok. 1348–1380) i w Pantanassie, ufundowanej według zaginionej inskrypcji w 1428 r. przez dostojnika Jana Frangopulosa, mają w sobie żywość i ruch, które historycy sztuki nazywają „renesansem Paleologów”.

Najsłynniejszym mieszkańcem miasta był filozof Jerzy Gemistos Pleton (ok. 1355–1452). Uczył tu Platona, a w 1438–1439 r. pojechał z cesarzem Janem VIII na sobór do Florencji, gdzie jego wykłady rozbudziły we Włoszech modę na platonizm. W „Księdze praw” proponował powrót do kultu bogów greckich, z Zeusem na czele. Po jego śmierci patriarcha Gennadios Scholarios spalił rękopis, a w 1466 r. kondotier Sigismondo Malatesta wywiózł szczątki filozofa do Rimini. Leżą tam do dziś w sarkofagu na zewnętrznej ścianie kościoła Tempio Malatestiano.

Z Mistry wyruszył też ostatni cesarz bizantyjski. Konstantyn Paleolog, od 1443 r. despota Morei, został 6 stycznia 1449 r. ogłoszony tu cesarzem w skromnej ceremonii. Nigdy nie koronowano go w Hagii Sofii, a cztery lata później zginął na murach Konstantynopola. Tradycja wskazuje miejsce tej ceremonii w posadzce katedry św. Demetriusza: to płyta z dwugłowym orłem Paleologów. Greckie podanie o „Marmurowym Cesarzu” mówi, że Konstantyn nie zginął, tylko anioł zamienił go w marmur i ukrył pod Złotą Bramą, gdzie czeka na powrót. W 1460 r. ostatni despota, Demetriusz, oddał Mistrę sułtanowi Mehmedowi II bez walki.

Pod rządami tureckimi i weneckimi (1687–1715) miasto żyło głównie z jedwabiu: hodowli jedwabników i handlu tkaninami. Upadło po rzezi w czasie powstania Orłowa (1770) i po spaleniu przez wojska Ibrahima Paszy w 1825 r. W latach 30. XIX w. na miejscu antycznej Sparty, kilka kilometrów niżej w dolinie, założono nowe miasto, a mieszkańcy Mistry przenosili się tam stopniowo. Ostatnie domy przejęto dopiero w 1953 r. Dziś mieszkają tu tylko mniszki z Pantanassy, które sprzedają hafty przy klasztorze. Zbocze porastają cyprysy, figowce i oliwki, a nad ruinami wznosi się Tajget, którego najwyższy szczyt, Profitis Ilias, ma 2404 m.