Na wzgórzu Kefala, 5 km od dzisiejszego centrum Heraklionu, ludzie mieszkali już ok. 7000 p.n.e. Ok. 1900 p.n.e. powstał tu pierwszy pałac, odbudowany i rozbudowany po wielkim zniszczeniu ok. 1700 p.n.e. Był ośrodkiem władzy, gospodarki i kultu cywilizacji, którą nazywamy minojską. Ostatnie wielkie zniszczenie datuje się umownie na ok. 1350 p.n.e. Na glinianych tabliczkach w piśmie linearnym B, zapisanym już po grecku, nazwa miejsca brzmi ko-no-so.

Z pałacem łączy się cały krąg mitów: król Minos i Pazyfae, Minotaur zamknięty w labiryncie, Dedal i Ikar, Tezeusz i Ariadna, która dała mu kłębek nici, a potem została porzucona na Naksos. Plątanina dziedzińców, korytarzy, schodów i pięter mogła sama zrodzić u Greków obraz labiryntu. Homer też zna Knossos. W „Iliadzie” Kreta „o stu miastach” wystawia pod Troję flotę Idomeneusa, a przy opisie tarczy Achillesa (XVIII pieśń) Hefajstos wykuwa na niej tańczących młodzieńców i dziewczęta na placu tanecznym podobnym do tego, który Dedal zbudował w Knossos dla Ariadny. W „Odysei” (XIX pieśń) Minos rządzi w Knossos i co dziewięć lat rozmawia z Zeusem.

Najsłynniejsze wnętrze to Sala Tronowa, odkryta przez Evansa już w pierwszym sezonie wykopalisk, w 1900 r. Pod północną ścianą stoi kamienny tron z wysokim, falistym oparciem, wzdłuż ścian biegną kamienne ławy, a po bokach tronu namalowano leżące gryfy. Tron uchodzi za najstarszy zachowany w Europie, a sala za najstarszą salę tronową kontynentu. Powstała w XV w. p.n.e., ale ostateczny kształt dostała zapewne dopiero po 1450 p.n.e., gdy Kretą rządzili już mykeńscy Grecy. Podobne gryfy zdobią salę tronową w Pylos. Evans widział tu tron króla-kapłana Minosa, inni badacze raczej sanktuarium bogini, w którym zasiadała kapłanka. Równie ciekawa jest „technika” pałacu: woda płynęła rurami z terakoty, łączonymi kielichowo odcinkami po 60–75 cm, a kamienne kanały odprowadzały deszczówkę i ścieki. Niektórzy badacze uważają, że wodę doprowadzano ze źródła na pobliskim wzgórzu Gypsades.

Pierwszy kopał tu w 1878–1879 r. kreteński kupiec Minos Kalokairinos, ale wielkie wykopaliska zaczął w 1900 r. Brytyjczyk Arthur Evans. To on wymyślił nazwę „cywilizacja minojska” i on odbudował część pałacu z betonu, z kolorowymi kolumnami i kopiami fresków. Dziś te rekonstrukcje są równie sławne, co sporne. W 2025 r. Knossos razem z Fajstos, Malią, Zakros, Zominthos i Kydonią trafiły na listę UNESCO jako „Minojskie ośrodki pałacowe”.