Legenda o założeniu klasztoru zaczyna się od trzech mnichów, Nikitasa, Ioannisa i Iosifa, którzy w górach Chios znaleźli ikonę Bogurodzicy zawieszoną na gałęzi mirtu. Na pobliskiej Lesbos przebywał wtedy na wygnaniu Konstantyn Monomach. Mnisi mieli mu przepowiedzieć, że zostanie cesarzem, a on obiecał, że w takim razie zbuduje im kościół. Przepowiednia się spełniła: w 1042 r. Konstantyn poślubił cesarzową Zoe i zasiadł na tronie w Konstantynopolu jako Konstantyn IX. Budowa ruszyła jeszcze w tym samym roku, katolikon poświęcono w 1049 r., a cały zespół ukończono w 1055 r., już po śmierci cesarza.

Najcenniejsze są mozaiki na złotym tle we wnętrzu katolikonu. Razem z mozaikami w Dafni koło Aten i w Osios Lukas w Beocji należą do najlepszych przykładów sztuki tzw. renesansu macedońskiego w Grecji i z nimi w 1990 r. trafiły na listę UNESCO. Cesarscy fundatorzy dali klasztorowi ziemie i przywileje, więc przez wieki był jednym z najbogatszych w Egei.

Dwa wydarzenia zostawiły tu trwały ślad. W kwietniu 1822 r., podczas masakry na Chios po wybuchu powstania greckiego, w klasztorze schroniło się ok. 2000 osób. Osmańskie wojsko wdarło się do środka, wymordowało wielu z nich i podpaliło drewniany ikonostas, dach i wyposażenie. W 1881 r. trzęsienie ziemi zawaliło kopułę głównego kościoła i dzwonnicę z 1512 r. Dzisiejsza kopuła jest odbudowana, ale mozaiki, które przetrwały, wciąż robią wrażenie. Masakrę na Chios uwiecznił na płótnie Eugène Delacroix, a jej echo w Europie pomogło sprawie greckiej niepodległości.