Wzgórze Hisarlık nie jest wysokie, ale kryje dziewięć miast jedno na drugim. Najstarsze, Troja I, powstało ok. 3000 p.n.e.; ostatnie, rzymskie Ilion (Troja IX), przetrwało do ok. 500 n.e. Dla czytelnika „Iliady” najważniejsze są dwie warstwy z późnej epoki brązu: Troja VI, potężne miasto z murami z obrobionego kamienia, zniszczone ok. 1300 p.n.e. najpewniej przez trzęsienie ziemi, i Troja VIIa, spalona ok. 1180 p.n.e. ze śladami walk. Czy to była wojna z „Iliady”, nie wiadomo: nie ma rozstrzygającego dowodu, że miasto zdobyli Grecy. W hetyckich archiwach z XIV–XIII w. p.n.e. pojawia się za to kraj Wilusa, a imię to dobrze pasuje do greckiego (W)Ilios.

Historia odkrycia to osobna powieść. Brytyjczyk Frank Calvert, właściciel części wzgórza, kopał tu od 1865 r. i jako pierwszy słusznie uznał je za Ilion. W 1868 r. wpuścił na swój teren Heinricha Schliemanna, bogatego kupca zakochanego w Homerze. Schliemann wykopał w latach 1870–1890 ogromny rów przez całe wzgórze, niszcząc po drodze warstwy, których szukał, i w 1873 r. ogłosił znalezienie „skarbu Priama”. Jego żona Zofia pozowała do zdjęcia w złotej biżuterii z tego skarbu. Dziś wiadomo, że skarb pochodzi z Troi II, o ponad tysiąc lat starszej niż czasy wojny trojańskiej. Część znalezisk jest w Muzeum Archeologicznym w Stambule, część w moskiewskim Muzeum Puszkina. Po Schliemannie pracowali tu m.in. Wilhelm Dörpfeld, Carl Blegen i Manfred Korfmann (1988–2005), który wykazał, że pod cytadelą było rozległe dolne miasto.

Ruiny Troi miały swoich pielgrzymów od starożytności. W maju 334 p.n.e. Aleksander Wielki, zaczynając podbój Persji, złożył tu ofiary na grobach homeryckich bohaterów; zabrał podobno ze świątyni Ateny zbroję z czasów wojny trojańskiej. Od 1998 r. stanowisko jest na liście UNESCO, a w 2018 r. otwarto przy nim nowoczesne Muzeum Troi. Z murów widać równinę Skamandra i morze, a na nim wyspę Bozcaada, homerycki Tenedos: w I pieśni „Iliady” kapłan Chryzes modli się do Apollina, „który potężnie panuje nad Tenedos”.