Klasztor stoi na wysokości nieco ponad 1000 m w zalesionej dolinie Valvanera, u stóp Sierra de la Demanda, na terenie gminy Anguiano. Jego początki opowiada legenda spisana po łacinie w XII w. Nuño Oñez, rozbójnik z tych gór, nawrócił się i zamieszkał w grocie. Anioł miał go zaprowadzić do starego dębu, spod którego korzeni biło źródło, a w pniu brzęczały pszczoły. W dziupli Nuño znalazł figurę Maryi. Pod koniec IX w. razem z Domingiem z Brievy postawił w tym miejscu pierwszą pustelnię. Pierwszy opat, Sancho, jest znany z 990 r., a nazwa Valvanera pojawia się w dokumencie z 1016 r.

Wspólnota przetrwała kilka katastrof. W 1809 r., w czasie wojny z Napoleonem, wojska francuskie podpaliły klasztor. Po desamortyzacji Mendizábala z 1835 r. mnisi musieli odejść, a zabudowania popadły w ruinę. Benedyktyni wrócili w 1883 r. z Montserratu, a kościół i budynki odbudowano gruntownie w latach 1949–1965. Benedyktyni odeszli w 2018 r. W 2020 r. przekazali klasztor diecezji Calahorra y La Calzada-Logroño, a opiekę nad nim przejęli zakonnicy z Instytutu Słowa Wcielonego (Instituto del Verbo Encarnado).

Najważniejsza jest figura Matki Bożej z Valvanery, romańska rzeźba czczona w późnogotyckim kościele. Spain.info datuje ją na IX w., ale to data z legendy, nie z badań. W 1965 r. papież Paweł VI bullą „Amor Dulcissimus” ogłosił ją główną patronką diecezji, a mieszkańcy uważają ją za patronkę całej La Rioji. Do Valvanery modlili się królowie Hiszpanii od czasów Izabeli Katolickiej (1451–1504), która według przekazów klasztoru zatrzymała się tu w 1483 r. Ta królowa razem z mężem Ferdynandem Aragońskim połączyła Kastylię i Aragonię, z których wyrosła Hiszpania, a w 1492 r. wysłała Kolumba przez Atlantyk. Kult Matki Bożej z Valvanery dotarł do Madrytu i Ameryki Łacińskiej. W Meksyku jest jej poświęcony kościół. Na święto we wrześniu z całego regionu przychodzą piesze pielgrzymki.