Ok. 500 r. p.n.e. Zapotekowie z doliny Oaxaki zrobili coś bez precedensu w tej części Meksyku: zamiast rozbudować któreś z dotychczasowych miasteczek w dolinie, założyli nową stolicę na nagim grzbiecie wznoszącym się ok. 400 m nad miejscem, gdzie spotykają się trzy ramiona doliny. Badacze łączą to z opuszczeniem San José Mogote w dolinie Etla, z którego w tym samym czasie odeszła niemal cała ludność, choć to wciąż hipoteza. Szczyt zrównano bez żelaznych narzędzi i zwierząt pociągowych, tworząc Gran Plazę o wymiarach ok. 300 × 150 m, otoczoną platformami, świątyniami i boiskiem do gry w piłkę. Ok. 100 r. p.n.e. miasto liczyło według szacunków ok. 17 tys. mieszkańców, a w szczytowym okresie może nawet ok. 35 tys., z których większość żyła na tarasach wyciętych w zboczach.

Najstarsze kamienie miasta to Danzantes, „tancerze”: ponad 300 płyt z nagimi mężczyznami w powykręcanych pozach, z zamkniętymi oczami i otwartymi ustami. Nazwę nadali im XIX-wieczni podróżnicy, ale dziś większość archeologów widzi w nich zabitych albo okaleczonych jeńców wojennych, wystawionych na pokaz w murze budynku L jako ostrzeżenie. Kilka stuleci później powstał budynek J, jedyny na placu ustawiony ukośnie, w kształcie grotu strzały: na jego ścianach wmurowano ponad 40 „płyt podboju” z glifem Monte Albán nad odwróconą głową, w których Alfonso Caso odczytał listę podporządkowanych miejscowości. Ukośne ustawienie budynku wiąże się z obserwacją nieba, a w schodach budynku P jest wąski szyb, przez który słońce zagląda do wnętrza w dni przejścia przez zenit, ok. 8 maja i 5 sierpnia.

W VIII w. budowy ustały, elita odeszła, a miasto opustoszało, choć nigdy nie zostało zapomniane. W późniejszych stuleciach Mixtekowie, którzy opanowali część doliny, wykorzystywali dawne zapoteckie grobowce do pochówków własnych władców. Najsłynniejszy jest grobowiec nr 7, otwarty przez Alfonsa Caso w 1932 r.: obok kości leżały naszyjniki, pektorały i ozdoby ze złota, srebra, turkusu, jadeitu i kryształu górskiego, uznawane za największy znaleziony skarb mezoamerykańskiej sztuki złotniczej. Ogląda się go dziś nie na górze, lecz w muzeum w dawnym klasztorze Santo Domingo w Oaxace. Prawdziwej nazwy miasta nie znamy; „Monte Albán” to nazwa hiszpańska, wywodzona różnie: od Wzgórz Albańskich pod Rzymem, od nazwiska hiszpańskiego żołnierza Montalbána albo od przekręconej nazwy zapoteckiej.

W 1987 r. UNESCO wpisało Monte Albán na listę światowego dziedzictwa razem z kolonialnym centrum Oaxaki, bo razem pokazują ponad dwa tysiące lat życia w tej samej dolinie. Z krawędzi grzbietu widać w dole całe miasto Oaxaca i pasma Sierra Madre na horyzoncie; po drugiej stronie miasta leży wzgórze Cerro del Fortín, gdzie w lipcu odbywa się Guelaguetza, wielkie święto tańców ze wszystkich regionów stanu, wyrosłe z dawnych „poniedziałków na wzgórzu” (daty na dany rok do sprawdzenia). Na Día de Muertos ruiny są zwykłym miejscem zwiedzania, ale zapoteckie wsie u stóp grzbietu, jak Xoxocotlán, słyną z nocnego czuwania na cmentarzach 31 października i 1 listopada [szczegóły do sprawdzenia].