Na wysokim tarasie nad wsią w Mixteca Alta stoi budowla, która wygląda jak forteca: ślepe ściany z jasnego kamienia, potężne przypory, kościół o nawie długości ok. 75 m i obok piętrowy klasztor z krużgankiem. Przed przybyciem Hiszpanów Yanhuitlán, po mixtecku Yodzocahi, było jednym z najsilniejszych mixteckich państewek, na szlaku handlowym między doliną Meksyku a Oaxaką. W 1506 r. zbuntowało się przeciw Aztekom; Montezuma II spustoszył je i według kronik wyprowadził ok. tysiąca jeńców, złożonych potem w ofierze w Tenochtitlánie. Po podboju Hernán Cortés oddał Yanhuitlán w 1523 r. w encomiendę swojemu kuzynowi Francisco de las Casas. Dominikanie, obecni w Oaxace od 1529 r., przyjęli tu dom zakonny już w 1541 r., ale osiedlili się na stałe dopiero ok. 1548 r., bo przeciw ich obecności występował kacyk don Domingo de Guzmán, sprzymierzony z encomendero. Kościół i klasztor stanęły na platformie zburzonego mixteckiego ośrodka obrzędowego.

Zanim mury urosły, Yanhuitlán przeszło przez jeden z najgłośniejszych procesów o bałwochwalstwo w Nowej Hiszpanii. W latach 1544–1546 przed sądem inkwizycyjnym stanęli ten sam don Domingo, dwaj gubernatorzy, don Francisco i don Juan, oraz miejscowi kapłani, oskarżeni o to, że mimo chrztu po kryjomu czczą dawnych bogów i składają im ofiary. Akta, wydane drukiem przez INAH, są dziś jednym z najcenniejszych źródeł o religii Mixteków, choć historycy wskazują, że za oskarżeniami stały głównie spory o ziemię, daninę i niewolników z sąsiednimi wioskami. Budowa ruszyła w połowie stulecia (według INAH w 1545 r., według archiwaliów zebranych przez Alessię Frassani dopiero w 1550 r.) i szła na koszt podległych wiosek, które dawały daninę i ludzi do pracy; część z nich w 1553 r. próbowała się nawet odłączyć, żeby uniknąć robót. Yanhuitlán bogaciło się wtedy na jedwabiu, który sprzedawano do Meksyku, Puebli i Oaxaki.

W środku czeka niespodzianka. Szeroką nawę przykrywa sklepienie żebrowe w stylu późnego gotyku, rzadkie w Meksyku, a podchór ma rzeźbiony drewniany strop o wpływach mudéjar. Ołtarz główny, ukończony w 1579 r., wykonał Andrés de Concha, malarz z Sewilli, jeden z najważniejszych artystów XVI-wiecznej Nowej Hiszpanii; w następnych stuleciach przybyło trzynaście kolejnych ołtarzy bocznych i wiele figur procesyjnych. Wśród nich wyróżniają się Señor de Ayuxi i Santo Entierro noszony w Wielkim Tygodniu; obie figury zrobiono przedhiszpańską techniką pasta de caña, z pasty z łodyg kukurydzy. Organy z ok. 1700 r. wyremontowano w 1998 r. tak, że znów grają.

Kościół przeżył sporo. W 1711 r. trzęsienie ziemi poważnie uszkodziło mury i czternaście wiosek podległych Yanhuitlán musiało co tydzień przysyłać ludzi do odbudowy; dwie ciemniejsze cegły z krzyżem i datami 1718 i 1720 w górnej części absydy wciąż pamiętają ich pracę. 8 maja 1970 r. złodzieje wynieśli z ołtarzy wiele obrazów, z których części nie odnaleziono do dziś. Od 2000 r. klasztor odnawiano w trzynastu etapach, a w 2012 r. otwarto w nim muzeum sztuki kolonialnej Mixteca Alta. Yanhuitlán to jedna z trzech perł tzw. ruta dominicana: ok. 28 km na zachód leży Teposcolula z jedną z największych otwartych kaplic w Ameryce, gdzie ewangelizowano tłumy pod gołym niebem, a ok. 28 km na północ Coixtlahuaca z klasztorem San Juan Bautista i jego otwartą kaplicą.