Amasya leży w ciasnym jarze Yeşilırmaku, starożytnego Irisu, pod wapiennymi urwiskami góry Harşena. Od strony rzeki dolinę zamyka szereg drewnianych domów, a nad nimi widać w skale ciemne otwory grobów królewskich. Strabon wywodził nazwę od Amasis, królowej Amazonek, które miały tu mieszkać. Historycy łączą jednak wielkość miasta z dynastią Mitrydatydów, perskiego pochodzenia. Ok. 300 r. p.n.e. Mitrydates I Ktistes założył w zamęcie po Aleksandrze Wielkim Królestwo Pontu, a Amaseia była jego stolicą, dopóki Farnakes I nie zdobył Synopy w 183 r. p.n.e. i nie przeniósł tam dworu. Z tego okresu pochodzą groby w skale: pięć wielkich grobów królewskich w miejscu zwanym Kızlar Sarayı („Pałac Dziewcząt”) i razem z grobami w obrębie zamku 21 grobowców w całej dolinie. Kamieniarze wykuli wokół komór korytarze, tak że każdy grób stoi w niszy jak wolnostojąca świątynia z fasadą, połączona ze skałą tylko u podstawy. Najsłynniejszy z dynastii, Mitrydates VI Eupator, przez ćwierć wieku najgroźniejszy wróg Rzymu, nie leży tu: jego ciało Pompejusz kazał pochować w Synopie. Legenda mówi, że Mitrydates przez lata przyjmował małe dawki trucizn, żeby się na nie uodpornić, i od jego imienia pochodzi słowo „mitrydatyzm”.

Najsłynniejszym synem miasta jest geograf Strabon, urodzony tu ok. 64 r. p.n.e. w zamożnej rodzinie służącej Mitrydatesowi VI. W XII księdze „Geografii” opisał rodzinne miasto: mury na dwóch szczytach skały nad wąwozem, królewski pałac i grobowce na zboczu połączone wykutymi przejściami, rzekę płynącą pod nimi i mosty łączące obie części miasta. Ten opis da się do dziś porównać z widokiem z nabrzeża. W 70 r. p.n.e. miasto zdobył Lukullus, a Pompejusz zrobił z niego miasto wolne. Za Bizancjum była tu stolica metropolii, a w 1075 r. Amasyę zajęli tureccy Daniszmendydzi. Z czasów Ilchanidów zachował się Darüşşifa z lat 1308–1309, szpital, w którym przez wiele lat pracował chirurg Şerafeddin Sabuncuoğlu (1385–1468). Jego ilustrowany podręcznik chirurgii po turecku z 1465 r. należy do najciekawszych zabytków średniowiecznej medycyny, a w dawnym szpitalu jest dziś muzeum historii medycyny [szczegóły ekspozycji do sprawdzenia].

Od 1392 r., gdy Bajazyd I osadził tu syna Mehmeda jako namiestnika, Amasya była „miastem książąt” (Şehzadeler Şehri). Osmańscy następcy tronu uczyli się rządzić w prowincji Rum ze stolicą w Amasyi. Mehmed I miał tu oparcie w latach bratobójczej wojny po klęsce pod Ankarą w 1402 r. Bajazyd II był namiestnikiem miasta, zanim w 1481 r. został sułtanem, a jego syn Selim I, przyszły zdobywca Egiptu, urodził się tu w 1470 r. Nad rzeką stoi meczet z kompleksem Bajazyda II z 1486 r., największy w mieście. Sulejman Wspaniały często tu bywał. W 1555 r. przyjął w Amasyi posła Habsburgów Ogiera Ghiselina de Busbecqa i zawarł tu pokój z Persją Safawidów. Rola miasta nie skończyła się z dynastią. W nocy z 21 na 22 czerwca 1919 r. Mustafa Kemal podyktował tu okólnik amasyjski (Amasya Genelgesi), który ogłosił, że niepodległość narodu jest w niebezpieczeństwie, i zwołał zjazd do Sivas. Uważa się go za pierwszy dokument tureckiej wojny o niepodległość. Te same lata były tragiczne dla ormiańskich i greckich mieszkańców miasta, którzy zginęli albo musieli odejść.

Amasya ma też swoją wielką legendę miłosną. Anatolijska wersja perskiej opowieści o Ferhadzie i Şirin przenosi akcję do tego miasta. Kamieniarz i malarz Ferhat zakochał się w Şirin, siostrze królowej Mehmene Banu, a królowa zażądała w zamian, by przebił górę i doprowadził do miasta wodę. Gdy kanał był prawie gotowy, podstawiona staruszka powiedziała mu, że Şirin nie żyje. Ferhat odebrał sobie życie, a Şirin umarła z żalu przy jego grobie. Kanał w skale na zboczu nad miastem nazywa się do dziś kanałem Ferhata [pochodzenie i dostępność kanału do sprawdzenia]. W Turcji Amasya kojarzy się przede wszystkim z jabłkami, zwłaszcza z drobną, aromatyczną odmianą misket. Kraj zna też domy Yalıboyu z XIX w., zbudowane na murach nadrzecznych, w których są dziś pensjonaty i herbaciarnie. Wieczorem groby królów są podświetlone, a z nabrzeża wygląda to, jakby skała świeciła nad dachami.