Afrodyzjas leży na wyżynnej równinie w dolinie dopływu Meandra, otoczonej górami. Ludzie mieszkali tu już ok. 5000 lat p.n.e., a w miejscu późniejszej świątyni od wieków czczono boginię płodności. Bizantyjska encyklopedia Suda podaje trzy dawne nazwy osady: „Miasto Lelegów”, „Wielkie Miasto” i Ninoe. Tę ostatnią miejscowe elity chętnie wiązały z Ninosem, legendarnym założycielem Niniwy, żeby dodać miastu starożytności. Od ok. III w. p.n.e. miasto nosiło imię Afrodyty. Jej posąg kultowy nie przypominał jednak nagiej Wenus. Bogini stała sztywno jak Artemida Efeska, w koronie z murów miejskich, w szacie podzielonej na cztery pasy z wizerunkami Charyt, Selene i Heliosa, Afrodyty na morskim koźle i erotów [szczegóły do sprawdzenia].

O losie miasta zdecydowała polityka. W wojnach domowych Afrodyzjas trzymało stronę Juliusza Cezara, a potem jego adoptowanego syna Oktawiana. Za tę wierność zapłaciło: zostało zdobyte szturmem i złupione, najpewniej podczas najazdu Labienusa i Partów w 40 r. p.n.e. Oktawian odwdzięczył się hojnie. Miasto dostało wolność, zwolnienie z podatków i prawo azylu przy świątyni. Pośredniczył w tym Gajusz Juliusz Zoilos, miejscowy człowiek, niegdyś niewolnik Cezara, wyzwolony przez Oktawiana. Wrócił do ojczyzny bogaty i ufundował m.in. scenę teatru i nową świątynię Afrodyty. Listy cesarzy do miasta wyryto w II–III w. na tak zwanej ścianie archiwum w teatrze. Jest tam też odpowiedź dla Samijczyków, którzy prosili o te same przywileje: Oktawian odmówił i napisał, że wolność dał tylko Afrodyzjanom.

Sława szła w parze z marmurem. Na zboczach gór nad miastem łamano biały i szaroniebieski marmur, a miejscowa szkoła rzeźbiarska działała od późnego hellenizmu do wczesnego Bizancjum. Rzeźbiarze z Afrodyzjas podpisywali dzieła w całym imperium. Dwa marmurowe centaury znalezione w 1736 r. w willi Hadriana pod Tivoli, dziś w Muzeach Kapitolińskich w Rzymie, mają sygnatury Aristeasa i Papiasa z Afrodyzjas. Najbardziej niezwykły zespół rzeźb zostawiły jednak dwie rodziny, które w latach ok. 20–60 n.e. zbudowały Sebasteion. To świątynia Afrodyty i cesarzy z rodu Juliuszów, którzy wywodzili się od Wenus. Prowadziła do niej aleja długa na 90 m, a wzdłuż niej stały dwa trzypiętrowe portyki z ok. 200 reliefami: bogowie, bohaterowie mitów, cesarze i personifikacje ludów podbitych przez Augusta. Na jednym Klaudiusz powala Brytanię, na innym Neron podtrzymuje omdlałą Armenię. Imię Nerona ktoś potem skuł.

Obok sanktuarium powstał w I w. n.e. stadion, ok. 270 m długości, z 30 rzędami siedzeń dla ok. 30 tys. widzów. Uchodzi za najlepiej zachowany stadion antycznego świata śródziemnomorskiego. Wschodnią część areny przerobiono później na mniejszą arenę do walk. Ok. 200 r. n.e. stanął Tetrapylon, ozdobna brama z czterech rzędów kolumn, która prowadziła z głównej ulicy na dziedziniec świątyni. Upadek przyszedł z chrześcijaństwem i trzęsieniami ziemi. Ok. 500 r. świątynię Afrodyty przebudowano na kościół, a miasto przemianowano na Stauropolis, „Miasto Krzyża”. Później nazywano je po prostu Karią i od tego słowa pochodzi nazwa wsi Geyre, która wyrosła na ruinach. Trzęsienie ziemi w IV w. podniosło poziom wód gruntowych i centrum zaczęło zalewać, a po trzęsieniu w VII w. miasto skurczyło się do umocnionej osady na wzgórzu teatru. W 1197 r. Seldżucy złupili je i przesiedlili mieszkańców.

Świat odkrył Afrodyzjas na nowo przez przypadek. W 1958 r. fotoreporter Ara Güler wracał z otwarcia zapory Kemer, a jego kierowca źle skręcił. Güler przenocował w Geyre i zobaczył chłopów grających w karty na rzymskim kapitelu. Jego zdjęcia ściągnęły tu archeologa Kenana Erima z Uniwersytetu Nowojorskiego. Erim kopał od 1961 r. do śmierci w 1990 r. i został pochowany na terenie stanowiska. Wieś przeniesiono ok. 1,2 km dalej. Od 1991 r. pracami kieruje R.R.R. Smith z Oksfordu. W mieście znaleziono ponad 2000 napisów. Afrodyzjas trafiło na listę UNESCO 9 lipca 2017 r. na sesji Komitetu Światowego Dziedzictwa w Krakowie.