Milet był przez kilka stuleci najpotężniejszym miastem greckiego Wschodu. Leżał na półwyspie wcinającym się w zatokę Latmijską, przy ujściu Meandra, i miał cztery porty. Ludzie mieszkali tu bardzo dawno: ok. 2000 r. p.n.e. powstała osada minojska, później mykeńska twierdza, którą teksty hetyckie nazywają Millawandą; ok. 1320 r. p.n.e. Hetyci spalili jej część. Według legendy miasto jońskie założył Neleus, syn ateńskiego króla Kodrosa. W VII i VI w. p.n.e. Milet rozsyłał osadników po całym świecie greckim, zwłaszcza nad Morze Czarne: Pliniusz Starszy przypisuje mu ponad 90 kolonii.

W tym bogatym porcie narodziła się grecka filozofia. Tales z Miletu szukał jednej zasady, z której powstaje wszystko, i uznał nią wodę; Herodot przypisuje mu przepowiedzenie zaćmienia słońca, które przerwało bitwę Lidyjczyków z Medami. Jego uczeń Anaksymander narysował podobno pierwszą grecką mapę świata, a Anaksymenes uważał, że zasadą świata jest powietrze. Historycy filozofii nazywają ich razem szkołą milezyjską. Z Miletu pochodził też Hippodamos (ok. 498–408 p.n.e.), którego imię nosi siatka prostopadłych ulic: według niej odbudowano Milet po wojnach perskich, a później wiele innych miast.

W 499 r. p.n.e. tyran Miletu Arystagoras wywołał powstanie jońskie przeciw Persom. Skończyło się klęską: w 494 r. p.n.e. flota perska rozbiła Greków pod wysepką Lade naprzeciw miasta, Persowie zdobyli Milet, zabili większość mężczyzn, kobiety i dzieci uprowadzili w niewolę, a sanktuarium w Didymie spalili. Herodot opisuje, jak w Atenach dramat Frynichosa o upadku Miletu doprowadził widzów do płaczu, a autor zapłacił za to grzywnę. Miasto odrodziło się, w 334 r. p.n.e. zdobył je po oblężeniu Aleksander Wielki, a w czasach hellenistycznych osiągnęło największy zasięg, ok. 90 ha. Od 133 r. p.n.e. należało do rzymskiej prowincji Azja. Tutaj, według Dziejów Apostolskich (20, 17–38), apostoł Paweł pożegnał się ze starszymi Kościoła w Efezie. Większość tego, co widać dziś, pochodzi z czasów rzymskich: teatr, łaźnie, agory, nimfeum.

Teatr, pierwotnie z IV w. p.n.e. na ok. 5300 widzów, Rzymianie rozbudowali w 2. połowie I w. n.e. do trzech kondygnacji widowni i ok. 15 000 miejsc; był jednym z największych w Azji Mniejszej. Na jednym z rzędów zachował się napis rezerwujący miejsca dla „Żydów, zwanych też bogobojnymi” [dokładne miejsce na widowni do sprawdzenia]. W Bizancjum widownię zamknięto murem i zamieniono w twierdzę; od niej wzgórze nosi nazwę Kaletepe, „Wzgórze Zamkowe”. Łaźnie Faustyny poświęcono żonie Marka Aureliusza przed jej śmiercią w 176 r. W 1909 r. znaleziono w nich posąg boga rzeki Meandra z szaroniebieskiego marmuru; w 2023 r. w magazynie odnaleziono jego prawe ramię i dołączono do posągu, który stoi w muzeum przy stanowisku. W łaźni zostały kopie posągu i lwa.

Ten sam Meander, który dał miastu bogactwo, zabrał mu morze. Muł zaczął zamykać porty już ok. 1000 r. p.n.e., zatoka zamieniła się w jezioro Bafa, wysepka Lade jest dziś pagórkiem wśród pól, a ruiny dzieli od brzegu ok. 10 km. Bizantyjskie Palatia, po turecku Balat, żyło jeszcze w średniowieczu. Za emiratu Menteşe powstał tu meczet İlyas Beja: według napisu budowę zaczęto w maju 1404 r., zaraz po tym, jak Timur przywrócił emiratowi niezależność od Osmanów. Kamieniarze użyli marmuru z antycznych ruin, a nad salą postawili ceglaną kopułę o średnicy ok. 14 m. Później port zamulił się do końca i miasto opustoszało. Wykopaliska zaczął Francuz Olivier Rayet w 1873 r., w latach 1899–1931 prowadzili je Niemcy pod kierunkiem Theodora Wieganda. Wyciągnięta przez nich z ziemi Brama Rynkowa z czasów Hadriana pojechała w latach 1907–1908 do Berlina. Złożono ją z ponad 750 ton fragmentów i nowego wypełnienia w Muzeum Pergamońskim, za co krytykowano muzeum, że przedstawia rekonstrukcję jak oryginał; w czasie II wojny światowej uszkodziły ją bomby.